بنابراین با توجه به تبصره 6 ماده واحده قانون جدید مقررات مغایر قبلی ملغی است.
آیین‌نامه اجرایی قانون ابطال اسناد و فروش رقبات، آب و اراضی موقوفه (موضوع تصویب‌نامه‌های شماره 1146/ت12784/ه مورخ 6/2/1374 و 44089/ت15320/ه، مورخ 12/6/1375) طبق مصوب 2/8/1380 هیأت وزیران به شرح زیر اصلاح شده است:
ادارات اوقاف و امور خیریه و متولیان موقوفات مکلف‌اند با توجه به سوابق ثبتی، موقوفات عامه‌ای را که به فروش رسیده یا به صورتی به ملکیت اشخاص درآمده است، صورت‌برداری و همراه با مستندات و دلایل به سازمان اوقاف و امور خیریه ارسال نمایند. سازمان اوقاف ضمن مطلع نمودن متصرف یا متصرفین این موقوفات و یا اشخاص ذینفع دیگر، موضوع را به کمیسیونی مرکب از سه نفر فقیه صاحب نظر که با انتخاب و زیر نظر نماینده ولی فقیه در سازمان یادشده تشکیل می‌شود، ارجاع می‌دهد. کمیسیون مذکور نظر خود را در مورد جواز شرعی فروش یا تبدیل رقبات، با توجه به اسناد و مدارک ارائه شده اداره اوقاف و متولی ذیربط و همچنین اشخاص ذینفع در موقوفه اعلام می‌نماید. در صورتی که تبدیل و فروش رقبه موقوفه به نظر کمیسیون با مجوز شرعی انجام شده باشد معامله تأیید می‌شود و در غیر این صورت نظر نماینده ولی فقیه و سرپرست سازمان اوقاف و امور خیریه دایر بر بطلان سند فروش یا تبدیل موقوفه همزمان به سازمان ثبت اسناد و املاک کشور و متصرف یا متصرفان و یا اشخاص ذینفع در موقوفه ابلاغ می‌شود. ادارات ثبت براساس این تصمیم نسبت به بطلان سند در سوابق ثبتی و دفاتر مربوط ثبت و صدور سند جدید به نام موقوفه اقدام خواهند نمود. در هر صورت این تصمیم قابل اعتراض در مراجع صالحه قضایی خواهد بود.

گفتار چهارم: روش عملی ابطال اسناد به حکم قانون
بعد از وصول نامه درخواست ابطال سند از مراجع صلاحیت‌دار به همراه مدارک قطعی قابل قبول مانند رأی کمیسیون ماده 56 قانون حفاظت و بهره‌برداری از جنگل‌ها و مراتع کشور، قانون مرجع تشخیص اراضی موات و ابطال اسناد آن، ماده واحده قانون ابطال اسناد فروش رقبات، آب و اراضی موقوفه، قانون لغو مالکیت اراضی موات شهری و کیفیت عمران آن و… رئیس ثبت، دستور ثبت تقاضا در دفتر اندیکاتور را می‌دهد و موضوع را برای بررسی و اقدام به دفتر املاک ارجاع می‌نماید.

متصدی دفتر پس از ثبت تقاضا در دفتر اندیکاتور آن را همراه با ضمائم‌اش به بایگانی ارسال می‌دارد تا پرونده ثبتی را ضمیمه نمایند. در بایگانی پرونده مربوطه از ردیف خود استخراج و همراه با سوابق به دفتر املاک ارسال می‌شود. متصدی دفتر املاک پس از بررسی سوابق و ملاحظه مدارک ابرازی و تطبیق مشخصات مندرج در آن با محتویات پرونده ثبتی و پس از حصول اطمینان از عدم اشکال مراتب ابطال سند مالکیت اولیه را در ستون ملاحظات دفتر املاک مربوط و پیش‌نویس سند مالکیت اولیه با قید شماره نامه یا حکم یا سند انتقال اجرایی توضیح می‌دهد، سپس پیش‌نویس سند مالکیت جدید را تهیه می‌نماید. در این پیش‌نویس علاوه بر قید مشخصات کامل مالک جدید و حدود و مشخصات ملک بایستی جریان پرونده ثبتی و نحوه ابطال سند مالکیت اولیه و شماره و تاریخ مستند ابطال بطور مشروح نوشته شود و بعد از گواهی دفتر بازداشتی مراتب قید شده در دفتر املاک و پیش‌نویس سند مالکیت اولیه و نیز پیش‌نویس سند مالکیت جدید را که با همان ثبت صفحه اولیه تنظیم شده به امضا مسئول مربوطه برساند. سپس در صورتی که سند مالکیت اولیه به طریقی ارائه شد آن را هم باطل و ضمیمه پرونده ثبتی نماید، ولی در هر صورت بعد از انجام تشریفات فوق بخشنامه‌ای را خطاب به دفاتر اسناد رسمی مبنی بر ابطال سند مالکیت اولیه تهیه می‌نماید در این بخشنامه نیز مشخصات کامل ملک و مالک و شماره و تاریخ مستند ابطال سند مالکیت اولیه و نام و مشخصات مالک جدید با تصریح بر ابطال سند مالکیت اولیه قید می‌شود و بخشنامه را مسئول مربوطه امضا و پس از درج شماره بر آن بوسیله دفتر اندیکاتور به دفاتر اسناد رسمی تابعه ارسال می‌دارد. آنگاه پرونده به حسابداری جهت پرداخت بهای دفترچه سند مالکیت فرستاده می‌شود و پس از پرداخت بهای دفترچه سند مالکیت بوسیله ذینفع پرونده برای تحریر سند به دفتر املاک برگشت می‌شود.
متصدی دفتر املاک سند مالکیت را تحریر و پیش‌نویس و سند را به امضای مسئول مربوط می‌رساند و پرونده را برای تحویل سند به ذینفع به بایگانی ارسال می‌دارد. در بایگانی ابتدائاً سند نخ‌کشی و پلمپ می‌شود و بعد در دفتر تسلیم سند ثبت می‌گردد. آنگاه پس از احراز هویت از متقاضی در قبال اخذ رسید از او در دفتر تسلیم سند و ستون ملاحظات پیش‌نویس سند مالکیت به او تسلیم می‌گردد و پرونده در ردیف خود در بایگانی ضبط می‌شود. بدیهی است چنانچه صدور سند مالکیت جدید مستند به سند انتقال اجرایی باشد علاوه بر تقاضای ذینفع ارائه صورتجلسه تحویل ملک که بوسیله مأمور اجرا تنظیم می‌شود یا اقرار به تحویل ملک از ناحیه متعامل همراه با سند انتقال اجرایی ضروری است.
مبحث سوم: ابطال سند مالکیت به حکم دادگاه
اقتدار و استقلال دادگاه‌ها به اندازه‌ای است که حتی می‌توان از آن مراجع درخواست ابطال یک سند را کرد، حتی اگر آن سند رسمی باشد. یکی از پیچید‌ه‌ترین مباحث در بحث ابطال اسناد اعم از رسمی و عادی، مالی و غیرمالی بودن این نوع از دعواست. ابطال یک سند هم می‌تواند مالی باشد و هم غیرمالی. در حقیقت مالی و غیرمالی بودن دعوای ابطال یک سند بستگی به موضوع آن سند دارد. در این قسمت به بررسی موارد ابطال سند مالکیت به حکم دادگاه می‌پردازیم:
گفتار نخست: به ثبت رسیدن سند مالکیت برخلاف قانون
طبق ماده 22 قانون ثبت ابطال اسناد در صورتی است که ثابت شود ملکی مطابق قانون در دفتر املاک به ثبت نرسیده است که البته مطابق قانون صرفاً به تشریفات اشاره دارد. این استنباط با توجه به تبصره ماده 5 لایحه قانونی راجع به اشتباهات ثبتی و اسناد مالکیت معارض که مقرر می‌دارد که جریان ثبتی آن طبق قانون و مقررات انجام شده، تعیین و حکم ابطال سند دیگر را خواهد داد که می‌تواند سند معارض یا سند موخر باشد. برخی آن را به امور ماهوی نیز تسری داده‌اند. رویه قضایی چنین موضوعی را تایید می‌کند هیات عمومی دیوان عالی کشور در رای شماره 1653 مورخ 10/5/1340 چنین اظهار نظر کرده است:
«ماده 22 قانون ثبت ناظر به ملکی است که مطابق قانون در دفتر املاک به ثبت رسیده باشد و همچنین انتقالی که موافق قانون انجام یافته باشد و در موردی که دعوی قانونی نبودن فروش ملک است دعوی قابل استماع بوده زیرا قانوناً بیعی که صحیحاً واقع نشده باشد، آثاری از قبیل مالکیت خریدار نسبت به مبیع و تعلق ثمن به فروشنده مترتب نمی‌باشد».
نظرات حقوقی در این خصوص بشرح زیر اشاره می‌شود:
1ـ نظریه شماره 6696/7 مورخ 17/12/1368
«دعوی اعتراض بر ثبت ملک به جهت عدم اطلاع از مقررات قانون ثبت یا عدم آگاهی از انتشار آگهی‌های مربوطه، مسموع نیست».
سؤال: با توجه به مواد 22 و 24 قانون ثبت و آرای شماره 188 مورخ 3/2/1366 و 1353 مورخ 10/5/1340 هیأت عمومی دیوان عالی کشور چنانچه ملکی با رعایت قوانین ثبت به نام شخصی ثبت و سند مالکیت صادر شده باشد آیا دعوی ابطال عملیات ثبتی و سند مالکیت صادره به لحاظ ادعای مالکیت نسبت به ملک ثبت شده قابل استماع است یا خیر؟

2ـ نظریه اداره کل حقوقی قوه قضائیه
با توجه به مفاد و مندرجات مواد 22 و 24 قانون ثبت اسناد و املاک مصوب 1310 و اصلاحات و الحاقات بعدی و همچنین آرای هیأت عمومی دیوان عالی کشور به شماره‌های 188 مورخ 3/2/1336 و 1653 مورخ 10/5/1340 طرح دعوی اعتراض به ثبت و ابطال ثبت ملک مورد اعتراض به جهت عدم اطلاع از مقررات ثبت یا عدم آگاهی از انتشار آگهی‌های نوبتی مربوط، قابل استماع نیست.
گفتار دوم: اسناد مالکیت معارض
بعضی از اساتید، سند مالکیت معارض را عبارت از سند مالکیتی دانسته‌اند که «نسبت به کل یا بعض محدوده سند مالکیت دیگر که قبلاً صادر شده، مؤخر بر ثبت اولیه در دفتر املاک به ثبت رسیده باشد و تا وقتی که حکم نهایی به صحت صدور آن از دادگاه صادر نشود، صفت سند مالکیت معارض را دارد و آثار مختص قانونی برآن مترتب است».
برخی از نویسندگان حقوق ثبت براین باورند که «اگر تاریخ ثبت دو سند مالکیت متفاوت باشد،آنکه تاریخش مؤخر است، سند مالکیت معارض است و اگر تاریخ ثبت دو سند یک روز باشد، سند مالکیتی که شماره آن بیشتر یعنی مؤخرالثبت است، سند معارض خواهد بود».
بعضی از اساتید حقوق ثبت در این باره گفته‌اند «سندی است که نسبت به یک ملک، خواه تمام آن یا قسمتی از آن و خواه حدود یا حقوق ارتفاقی، یک بار به نام شخصی ثبت دفتر املاک شده باشد، مجددا به نام دیگری ثبت دفتر املاک شود. سند مالکیت ثبت مؤخر را سند مالکیت معارض می‌نامند».
یکی از نویسندگان حقوق ثبت املاک گفته‌اند: گر چه تعاریف مذکور افاده معنی سند مالکیت معارض می‌کنند اما واقعیت بیش از آن است که گفته‌اند زیرا به نظر می‌رسد که هر دو اسناد مالکیت مقدم الصدور و مؤخرالصدور، اسناد مالکیت معارض محسوب شوند به دلایل ذیل:
اولاً هریک از اسناد مالکیت مذکور، در تعارض با دیگری است.به عبارت دیگر هر دو سند مالکیت به صفت معارض بودن متصف هستند و تعارض وصفی مختص سند مالکیت مؤخرالصدور نیست و هر دو سند مالکیت را شامل می‌شود. تبصره ذیل ماده 5 لایحه قانونی راجع به اشتباهات ثبتی و اسناد مالکیت معارض مصوب 1333، به خوبی مبیّن معارض بودن هر دو سند مالکیت است. در این تبصره آمده است «دادگاه پس از رسیدگی‌های لازم هر یک از اسناد معارض را که تشخیص دهد جریان ثبتی آن بر طبق قانون و مقررات صحیحاً انجام شده تعیین و حکم ابطال سند دیگر را خواهد داد». پس به جای استفاده از عبارت «سند مالکیت معارض» شایسته است عبارت «اسناد مالکیت معارض» بکار گرفته شود.
ثانیاً، چنانچه جز این تصور شود تصریح قانونگذار در ماده 5 لایحه قانونی مزبور دائر بر جواز انتقال حقوق متصوره دارنده سند مالکیت مؤخرالصدور به دیگری، به شدت محل سوال و تردید قرار می‌گیرد. زیرا پذیرفته نیست که قانونگذار در حالی جواز انجام یک عمل حقوقی را به شخصی بدهد که بی حقی او را در رسیدگی‌های بعدی، بطور قطع محرز می‌دارد.
بند نخست: تشخیص تعارض اسناد مالکیت
اگر دو سند مالکیت کلاً یا بعضاً داشته باشند یا در خصوص حقوق ارتفاقی متعارض باشند، رسیدگی و اتخاذ تصمیم در مورد تعارض یا عدم تعارض آنها، با هیأت نظارت است و رأی هیأت نظارت در این مورد غیر قطعی و قابل تجدیدنظر خواهد بود.
بند دوم: وظایف اداره ثبت در رابطه با سند مالکیت معارض
1ـ ادارات و واحدهای ثبتی مکلفند به محض اطلاع از صدور اسناد معارض، مشخصات سند معارض و سند ثبت مقدم یا (مقدم الصدور) را طی بخشنامه‌ای به دفاتر اسناد رسمی حوزه خود ابلاغ نمایند.
2ـ گزارش کار را به نحوی که هیچگونه ابهامی در آن نباشد به هیأت نظارت ارسال دارند.
3ـ در صورتی که هیأت نظارت یا شورای عالی ثبت در تجدید رسیدگی وقوع تعارض را محرز بداند اداره ثبت مکلف است مراتب را کتباً به دارنده سند مالکیت معارض (مؤخرالثبت) ابلاغ و به او اخطار کند که ظرف دو ماه از تاریخ ابلاغ قانونی اخطاریه به دادگاه حقوقی صلاحیت دار محل وقوع ملک مراجعه و گواهی اقامه دعوا را به اداره ثبت محل تسلیم و رسید اخذ نمایند.
4ـ در صورتی که دارنده سند مالکیت معارض ظرف دو ماه از تاریخ ابلاغ اخطاریه به دادگاه محل وقوع ملک مراجعه نکند و گواهی طرح دعوی را به اداره ثبت محل تسلیم و رسید اخذ ننماید و دارنده سند مالکیت مقدم گواهی عدم طرح دعوی را از مراجع صالحه دریافت و در مدت مزبور تقدیم کند، اداره ثبت مکلف است که سند